Di Linux banyak program-program kimia alternatif. Dari berbagai
macam program tersebut ada yang didistribusikan untuk akademis, maupun
yang memang benar-benar open source dan kesemuanya itu ada beberapa yang
memang diakui kualitasnya secara internasional dan sering digunakan
untuk keperluan publikasi ilmiah. Mari kita bahas satu persatu, tapi
tentu tidak semua dapat terbahas di sini.
1.Jmol
Jmol merupakan program visualisasi yang bersifat open source dan bebas
untuk didistribusikan. Jmol dikembangkan berdasarkan java sehingga
pastikan Java Runtime Environment (JRE) telah terinstall di komputer
sebelum menggunakan Jmol. Jmol didesain bisa sebagai applet dari web
ataupun berdiri sendiri. Dengan Jmol kita dapat membuat animasi,
menampilkan vibrasi dll. Salah satu format yang bisa dibaca Jmol adalah
format file HyperChem. Jmol dapat di download di
jmol.org.
Untuk menggunakannya tinggal ekstrak file zip-nya dan kemudian jalankan
jmol.sh. Jika tidak bisa dijalankan karena tidak memiliki atribut untuk
file eksekusi, tinggal gunakan perintah chmod -R 777 pada folder jmol.
2.Molden
Molden hampir sama dengan Jmol, fungsinya adalah untuk menampilkan dalam
bentuk 3D. Molden sangat powerful terutama dengan z-matrik editornya.
Saat ini molden didistribusikan untuk keperluan akademik. Molden dapat
digunakan untuk memvisualisasi hasil perhitungan dari GAUSSIAN. Molden
dapat di download di
ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/molden5.0.tar.gz.
Untuk meng-compile molden ada beberapa paket program yang harus
diinstall terlebih dahulu. Bagi para pengguna setia Debian dan
turunannya seperti Ubuntu dapat menggunakan perintah apt-get install
untuk menginstall program-program berikut ini : gfortran libX11-6
libX11-dev libgl1-mesa-glx libgl1-mesa-dev build-essential
mesa-common-dev libglu1-mesa-dev libxmu-dev makedpend xutils-dev wget.
Selanjutnya tinggal mengekstrak folder molden lalu edit makefile,
samakan dengan platform komputer yang kita gunakan. Terakhir compile
dengan perintah make. Jika proses ini berhasil akan ada file ekskusi
molden, gmolden, ambfor dan surf.
3.GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System)
GAMESS merupakan software untuk melakukan perhitungan kimia kuantum.
Metode yang tersedia di GAMESS mulai dari level teori HF (RHF,
ROHF,UHF), DFT,CI dan MP2. Gamess dapat digunakan untuk menghitung
Vibrasi, UV/VIS, Raman dll. Metode analytic gradient juga tersedia untuk
otomatisasi proses optimasi geometri. Panduan tentang instalasi GAMESS
dan visualisasinya telah tersedia di tulisan sebelumnya dalam blog ini.
4.Marvinsketch
Marvinsketch adalah software untuk menggambar struktur, dikembangkan
dengan java sehingga memerlukan Java Runtime Environment (JRE) untuk
berjalan. Instalasinya sangat mudah dengan adanya GUI sehingga mirip
cara instalasi di windows.
5.Chemtool
Chemtool adalah program untuk menggambar struktur terutama senyawa
organik. Chemtool mudah digunakan untuk menggambar selain terdapat tools
untuk menghitung massa molekular. Instalasi chemtool sangat mudah
karena beberapa distro besar memasukkan chemtool ke dalam repository
mereka. Bahkan instalasi dari source codenya pun juga mudah.
6.Rasmol
Rasmol merupakan salah satu program untuk visualisasi molekul-molekul
kecil, asam amino, protein. Rasmol ditujukan untuk pengajaran
visualisasi dan untuk menghasilkan gambar dengan kualitas tinggi. Rasmol
untuk Linux terdapat di repository beberapa distro seperti Debian,
Ubuntu, OpenSuse dll. Selain itu, source codenya juga bisa didownload
dari
rasmol.org.
Semoga Bermanfaat!
Sumber:
http://neax502.wordpress.com/2011/06/08/software-kimia-alternatif-di-gnulinux/
